Das bilaterale Verhältnis zwischen Deutschland und Japan ist von engem politischem Austausch und internationaler Zusammenarbeit gekennzeichnet. Als liberale und pluralistische Demokratien teilen beide Länder fundamentale Werte und sind politisch, wirtschaftlich und gesellschaftlich vielfältig miteinander verbunden. Im März 2023 fanden erstmalig bilaterale Regierungskonsultationen statt. Zu den wichtigsten multilateralen Foren für die Zusammenarbeit mit Japan gehören neben G7 und G20, die Vereinten Nationen sowie (mit Japan als Kooperationspartner) OSZE und NATO. Als „G4“ (mit Indien und Brasilien) setzen sich Japan und Deutschland für eine Reform des VN-Sicherheitsrates ein.

Japan ist Deutschlands zweitgrößter Handelspartner in Asien. Im Jahr 2025 betrugen die deutschen Importe 22,1 Mrd. Euro und die deutschen Exporte 21 Mrd. Euro. Wichtigste Handelsgüter sind pharmazeutische und chemische Erzeugnisse, Maschinen, Fahrzeuge und -Teile, Elektronik und Elektrotechnik.

Das Japanisch-Deutsche Zentrum Berlin (JDZB) setzt sich seit 1985 für einen Austausch in den Bereichen Politik, Wirtschaft, Kultur und Wissenschaft ein. Es fungiert zudem als deutsches Sekretariat des jährlich stattfindenden Deutsch-Japanischen Forums (DJF).

Der kulturelle und akademisch-wissenschaftliche Austausch zwischen Deutschland und Japan ist vielseitig. Bereits 1861 schlossen JPN und Preußen einen Freundschafts-, Handels- und Schifffahrtsvertrag. 1957 wurde ein Kulturabkommen unterzeichnet. Zahlreiche Städte pflegen Partnerschaften; diejenige zwischen den Hauptstädten Tokyo und Berlin feierte 2024 ihr 30-jähriges Jubiläum. Etwa 55 aktive Japanisch-Deutsche Gesellschaften in Japan, rund 50 Deutsch-Japanische Gesellschaften in Deutschland, über 800 bilaterale Hochschulkooperationen sowie die Repräsentanzen des Goethe-Instituts und des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD) in Japan, die Deutsche Schule Tokyo Yokohama (DSTY), das Deutsche Institut für Japanstudien (DIJ) und die Deutsche Gesellschaft für Natur- und Völkerkunde Ostasiens (OAG) in Tokyo bilden ein dichtes kulturelles und akademisches Netzwerk. Zudem besteht seit 1974 ein Regierungsabkommen über die Zusammenarbeit auf wissenschaftlich-technologischem Gebiet, insbesondere der Hochtechnologieforschung.